聚丙烯酰胺凝膠垂直板電泳是以聚丙烯酰胺凝膠做支持物的一種區帶電泳，由于此種凝膠具有分子篩的性質，所以本法對樣品的分離作用，不僅決定于樣品中各組分所帶凈電荷的多少，也與分子的大小有關。其次，聚丙烯酰胺凝膠電泳還有一種獨特的濃縮效應，即在電泳開始階段，由于不連續pH 梯度的作用，將樣品壓縮成一條狹窄區帶，從而提高了分離效果。 聚丙烯酰胺凝膠具有網狀立體結構，很少帶有離子的側基，惰性好，電泳時，電滲作用小，幾乎無吸附作用，對熱穩定，呈透明狀，易于觀察結果。 聚丙烯酰胺凝膠是由單體丙烯酰胺(簡稱Acr)和交聯劑聚丙烯酰胺凝膠簡稱Bis)在催化劑的作用下，聚合交聯而成的含有酰胺基側鏈的脂肪族大分子化合物。